[저자] Gwenddolen Kettenburg, Amy Kistler, Hafaliana Christian Ranaivoson, Vida Ahyong, Angelo Andrianiaina, Santino Andry, Joseph L. DeRisi, Anecia Gentles, Vololoniaina Raharinosy, Tsiry Hasina Randriambolamanantsoa, Ny Anjara Fifi Ravelomanantsoa, Cristina M. Tato, Philippe Dussart, Jean-Michel Heraud, Cara E. Brook
Bats are natural reservoirs for both Alpha – and Betacoronaviruses and the hypothesized original hosts of five of seven known zoonotic coronaviruses. To date, the vast majority of bat coronavirus research has been concentrated in Asia, though coronaviruses are globally distributed; indeed, SARS-CoV and SARS-CoV-2-related Betacoronaviruses in the subgenus Sarbecovirus have been identified circulating in Rhinolophid bats in both Africa and Europe, despite the relative dearth of surveillance in these regions. As part of a long-term study examining the dynamics of potentially zoonotic viruses in three species of endemic Madagascar fruit bat ( Pteropus rufus, Eidolon dupreanum, Rousettus madagascariensis ), we carried out metagenomic Next Generation Sequencing (mNGS) on urine, throat, and fecal samples obtained from wild-caught individuals. We report detection of RNA derived from Betacoronavirus subgenus Nobecovirus in fecal samples from all three species and describe full genome sequences of novel Nobecoviruses in P. rufus and R. madagascariensis . Phylogenetic analysis indicates the existence of five distinct Nobecovirus clades, one of which is defined by the highly divergent ancestral sequence reported here from P. rufus bats. Madagascar Nobecoviruses derived from P. rufus and R. madagascariensis demonstrate, respectively, Asian and African phylogeographic origins, mirroring those of their fruit bat hosts. Bootscan recombination analysis indicates significant selection has taken place in the spike, nucleocapsid, and NS7 accessory protein regions of the genome for viruses derived from both bat hosts. Madagascar offers a unique phylogeographic nexus of bats and viruses with both Asian and African phylogeographic origins, providing opportunities for unprecedented mixing of viral groups and, potentially, recombination. As fruit bats are handled and consumed widely across Madagascar for subsistence, understanding the landscape of potentially zoonotic coronavirus circulation is essential for mitigation of future zoonotic threats.
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박쥐는 알파 및 베타 코로나바이러스와 알려진 7가지 인수공통전염병 코로나바이러스 중 5가지의 가상의 원래 숙주 모두의 천연 저장소입니다. 현재까지 박쥐 코로나바이러스 연구의 대다수는 아시아에 집중되어 있지만 코로나바이러스는 전 세계적으로 분포되어 있습니다. 실제로, Sarbecovirus 아속의 SARS-CoV 및 SARS-CoV-2 관련 Betacoronaviruses는 이러한 지역의 감시가 상대적으로 부족함에도 불구하고 아프리카와 유럽의 Rhinolophid 박쥐에서 순환하는 것으로 확인되었습니다. 마다가스카르 고유의 과일박쥐 3종(Pteropus rufus, Eidolon dupreanum, Rousettus madagascariensis)에서 잠재적인 인수공통 바이러스의 역학을 조사하는 장기 연구의 일환으로, 우리는 소변, 목, 야생에서 잡힌 개체에서 얻은 대변 샘플. 우리는 세 종의 대변 샘플에서 Betacoronavirus subgenus Nobecovirus에서 파생된 RNA의 검출을 보고하고 P. rufus와 R. madagascariensis에서 새로운 Nobecoviruses의 전체 게놈 시퀀스를 설명합니다. 계통발생학적 분석은 5개의 별개의 Nobecovirus 계통군이 존재함을 나타내며, 그 중 하나는 P. rufus 박쥐에서 보고된 매우 다양한 조상 서열에 의해 정의됩니다. P. rufus와 R. madagascariensis에서 파생된 Madagascar Nobecoviruses는 각각 아시아와 아프리카 계통학적 기원을 보여주며, 과일박쥐 숙주의 기원을 반영합니다. 부트스캔 재조합 분석은 두 박쥐 숙주에서 유래한 바이러스에 대한 게놈의 스파이크, 뉴클레오캡시드 및 NS7 부속 단백질 영역에서 상당한 선택이 발생했음을 나타냅니다. 마다가스카르는 아시아와 아프리카 계통학적 기원을 가진 박쥐와 바이러스의 독특한 계통학적 연관성을 제공하여 바이러스 그룹의 전례 없는 혼합 및 잠재적으로 재조합의 기회를 제공합니다. 과일박쥐는 생존을 위해 마다가스카르 전역에서 광범위하게 취급되고 소비되기 때문에 잠재적인 인수공통전염병 코로나바이러스 순환의 환경을 이해하는 것은 미래의 인수공통전염병 위협을 완화하는 데 필수적입니다.