The surveillance of spike protein for patients with COVID-19 detected in Hong Kong in 2020

2020년 홍콩에서 검출된 COVID-19 환자를 위한 스파이크 단백질 감시

Published on
Journal: Journal of medical virology
[저자] Gannon C K Mak, Angela W L Lau, Andy M Y Chan, Edman T K Lam, Rickjason C W Chan, Dominic N C Tsang
[Category] SARS, 변종, 치료기술,
PMC URL    [DOI] 10.1002/jmv.27063    
[Article Type] Article
[Source] PMC

Abstract
In 2020, numerous fast-spreading severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants have been reported. These variants had unusually high genetic changes in the spike (S) protein. In an attempt to understand the genetic background of SARS-CoV-2 viruses in Hong Kong, especially before vaccination, the purpose of this study is to summarize the S protein mutations detected among coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients in Hong Kong in 2020. COVID-19 cases were selected every month in 2020. One virus from each case was analyzed. The full encoding region of the S proteins was sequenced. From January 2020 to December 2020, a total of 340 COVID-19 viruses were sequenced. The amino acids of the S protein for 44 (12.9%) were identical to the reference sequence, WIV04 (GenBank accession MN996528). For the remaining 296 sequences (87.1%), a total of 43 nonsynonymous substitution patterns were found. Of the nonsynonymous substitutions found, some of them were only detected at specific time intervals and then they disappeared. The ongoing genetic surveillance system is important. It would facilitate early detection of mutations that can increase infectivity as well as mutations that are selected for the virus to escape immunological restraint.
Keywords: coronavirus; evolution; genetic variability; genetics; mutation; virus classification.

All Keywords
【저자키워드】 Evolution, coronavirus, Mutation, genetics, genetic variability, virus classification, 【초록키워드】 COVID-19, coronavirus disease, SARS-CoV-2, Coronavirus disease 2019, vaccination, Mutation, S protein, Genetic, variant, SARS-CoV-2 virus, virus, variants, genetics, Protein, Surveillance, Early detection, Patient, amino acids, genetic variability, virus classification, Hong Kong, reference sequence, Amino acid, COVID-19 cases, time interval, acute respiratory syndrome, acute respiratory syndrome coronavirus, acute respiratory syndrome coronavirus 2, COVID-19 case, sequence, S proteins, SARS-CoV-2 viruses, genetic background, genetic change, nonsynonymous, immunological, nonsynonymous substitutions, selected, analyzed, sequenced, reported, facilitate, the S protein, GenBank accession, nonsynonymous substitution, 【제목키워드】 Spike protein, Surveillance, patients with COVID-19,
{{{ 추상적인 }}} 2020년에는 빠르게 확산되는 수많은 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2) 변종이 보고되었습니다. 이러한 변이체는 스파이크(S) 단백질에서 비정상적으로 높은 유전적 변화를 보였습니다. 특히 백신 접종 전 홍콩에서 SARS-CoV-2 바이러스의 유전적 배경을 이해하려는 시도로, 이 연구의 목적은 홍콩에서 코로나바이러스 질병 2019(COVID-19) 환자들 사이에서 검출된 S 단백질 돌연변이를 요약하는 것입니다. 2020. 2020년 매달 코로나19 확진자가 선정되었습니다. 각 1건의 바이러스를 분석하였습니다. S 단백질의 전체 인코딩 영역이 시퀀싱되었습니다. 2020년 1월부터 2020년 12월까지 총 340개의 COVID-19 바이러스가 시퀀싱되었습니다. 44에 대한 S 단백질의 아미노산(12.9%)은 참조 서열 WIV04(GenBank accession MN996528)와 동일했습니다. 나머지 296개 서열(87.1%)에 대해 총 43개의 비동의어 치환 패턴이 발견되었다. 발견된 비동의어 치환 중 일부는 특정 시간 간격에서만 감지되었다가 사라졌습니다. 지속적인 유전자 감시 시스템이 중요합니다. 그것은 감염성을 증가시킬 수 있는 돌연변이뿐만 아니라 바이러스가 면역학적 억제를 피하기 위해 선택된 돌연변이의 조기 탐지를 용이하게 할 것입니다. {{ 키워드: }} 코로나바이러스; 진화; 유전적 다양성; 유전학; 돌연변이; 바이러스 분류.