Diagnostic accuracy of nasopharyngeal swab, nasal swab and saliva swab samples for the detection of SARS-CoV-2 using RT-PCR

Abstract
Background: The current gold standard in coronavirus disease (COVID-19) diagnostics is the real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA in nasopharyngeal swab (NPS) samples. Alternatively, nasal swab (NS) or saliva swab (SS) specimens are used, although available data on test accuracy are limited. We examined the diagnostic accuracy of NPS/NS/SS samples for this purpose.
Methods: Ten patients were included after being tested positive for SARS-CoV-2 RT-PCR in NPS samples according to the National Institute of Infectious Disease guidelines. In comparison with this conventional diagnostic method, NPS/NS/SS samples were tested using the cobas 6800 systems RT-PCR device. To investigate the usefulness of the cobas method and the difference among sample types, the agreement and sensitivity were calculated. Five to six samples were collected over a total period of 5-6 d from each patient.
Results: Fifty-seven sets of NPS/NS/SS samples were collected, of which 40 tested positive for COVID-19 by the conventional method. Overall, the concordance rates using the conventional method were 86.0%/70.2%/54.4% for NPS/NS/SS samples (cobas); however, for samples collected up to and including on Day 9 after disease onset (22 negative and one positive specimens), the corresponding rates were 95.7%/87.0%/65.2%. The overall sensitivity estimates were 100.0%/67.5%/37.5% for NPS/NS/SS samples (cobas). For samples up to 9 d after onset, the corresponding values were 100.0%/86.4%/63.6%.
Conclusions: NS samples are more reliable than SS samples and can be an alternative to NPS samples. They can be a useful diagnostic method in the future.
Keywords: COVID-19 diagnostic test; nasal swab; nasopharyngeal swab; saliva.

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【저자키워드】 Saliva, Nasopharyngeal swab, COVID-19 diagnostic test, nasal swab, 【초록키워드】 COVID-19, coronavirus disease, SARS-CoV-2, Saliva, coronavirus, diagnostic test, diagnostic, nasal, Infectious disease, severe acute respiratory syndrome Coronavirus, RT-PCR, diagnostics, RNA, Nasopharyngeal swab, polymerase chain reaction, sensitivity, Diagnostic accuracy, Accuracy, nasopharyngeal, Patient, gold, Swab, SARS-CoV-2 RT-PCR, nasal swab, estimate, specimens, Diagnostic method, disease onset, Chain Reaction, acute respiratory syndrome, available data, acute respiratory syndrome coronavirus, acute respiratory syndrome coronavirus 2, alternative, gold standard, specimen, real-time reverse transcription-polymerase chain reaction, positive, concordance rate, NPs, tested, collected, examined, Day, calculated, 【제목키워드】 SARS-CoV-2, RT-PCR, Nasopharyngeal swab, swab sample,

{{{ 추상적인 }}} {{ 배경: }} 현재 코로나바이러스 질병(COVID-19) 진단의 표준은 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2)를 검출하기 위한 실시간 역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR) 분석입니다. ) 비인두 면봉(NPS) 샘플의 RNA. 또는 시험 정확도에 대한 사용 가능한 데이터가 제한적이지만 비강 면봉(NS) 또는 타액 면봉(SS) 표본이 사용됩니다. 이를 위해 NPS/NS/SS 샘플의 진단 정확도를 조사했습니다. {{ 방법: }} 국립 전염병 연구소 지침에 따라 NPS 샘플에서 SARS-CoV-2 RT-PCR에 대해 양성 판정을 받은 후 10명의 환자가 포함되었습니다. 이러한 기존의 진단 방법과 비교하여 NPS/NS/SS 샘플은 cobas 6800 시스템 RT-PCR 장치를 사용하여 테스트되었습니다. cobas 방법의 유용성과 표본 유형 간의 차이를 조사하기 위해 일치도와 민감도를 계산했습니다. 각 환자로부터 5-6일의 총 기간에 걸쳐 5-6개의 샘플을 수집했습니다. {{ 결과: }} NPS/NS/SS 샘플 57세트를 수집했으며 그 중 40개가 기존 방법으로 코로나19 양성 판정을 받았습니다. 전반적으로, 기존 방법을 사용한 일치율은 NPS/NS/SS 샘플(cobas)에 대해 86.0%/70.2%/54.4%였습니다. 그러나 질병 발병 후 9일까지 수집된 샘플(22개의 음성 표본 및 1개의 양성 표본)의 경우 해당 비율은 95.7%/87.0%/65.2%였습니다. 전체 민감도 추정치는 NPS/NS/SS 샘플(코바)에 대해 100.0%/67.5%/37.5%였습니다. 발병 후 9일까지의 샘플에 대해 해당 값은 100.0%/86.4%/63.6%였습니다. {{ 결론: }} NS 샘플은 SS 샘플보다 더 안정적이며 NPS 샘플의 대안이 될 수 있습니다. 그들은 미래에 유용한 진단 방법이 될 수 있습니다. {{ 키워드: }} 코로나19 진단 테스트; 비강 면봉; 비인두 면봉; 타액.