[저자] Annarita Mazzariol, Anna Benini, Ilaria Unali, Riccardo Nocini, Marcello Smania, Anna Bertoncelli, Francesco De Sanctis, Stefano Ugel, Katia Donadello, Enrico Polati, Davide Gibellini
Objective To investigate the presence of bacteria and fungi in bronchial aspirate (BA) samples from 43 mechanically ventilated patients with severe COVID-19 disease. Methods Detection of SARS-CoV-2 was performed using Allplex 2019-nCoV assay kits. Isolation and characterisation of bacteria and fungi were carried out in BA specimens treated with 1X dithiothreitol 1% for 30 min at room temperature, using standard culture procedures. Results Bacterial and/or fungal superinfection was detected in 25 out of 43 mechanically ventilated patients, generally after 7 days of hospitalisation in an intensive care unit (ICU). Microbial colonisation (colony forming units (CFU) <1000 colonies/ml) in BA samples was observed in 11 out of 43 patients, whereas only 7 patients did not show any signs of bacterial or fungal growth. Pseudomonas aeruginosa was identified in 17 patients. Interestingly, 11 out of these 17 isolates also showed carbapenem resistance. The molecular analysis demonstrated that resistance to carbapenems was primarily related to OprD mutation or deletion. Klebsiella pneumoniae was the second most isolated pathogen found in 13 samples, of which 8 were carbapenemase-producer strains. Conclusion These data demonstrate the detection of bacterial superinfection and antimicrobial resistance in severe SARS-CoV-2-infected patients and suggest that bacteria may play an important role in COVID-19 evolution. A prospective study is needed to verify the incidence of bacterial and fungal infections and their influence on the health outcomes of COVID-19 patients.
All Keywords
【저자키워드】 SARS-CoV-2, bronchial aspirate samples, mechanically ventilated patients, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, bacterial superinfection, antimicrobial resistance, 【초록키워드】 COVID-19, Evolution, Mutation, intensive care, Prospective Study, intensive care unit, detection, outcome, bacterial superinfection, antimicrobial resistance, ICU, COVID-19 disease, Health, Culture, pathogen, Patient, Deletion, Bacteria, temperature, incidence, superinfection, fungi, hospitalisation, Strains, patients, molecular analysis, fungal, severe COVID-19 disease, COVID-19 patients, Bacterial, Pseudomonas aeruginosa, Fungal infection, colonisation, Klebsiella pneumoniae, room temperature, dithiothreitol, carbapenem, colony forming units, growth, These data, specimen, severe SARS, characterisation, bacterial and fungal infections, carbapenems, pneumoniae, 2019-nCoV assay, isolate, objective, Result, carried, was performed, treated, demonstrated, CFU, mechanically ventilated patient, SARS-CoV-2-infected patient, 【제목키워드】 SARS-CoV2, Dynamics, Resistant, Mechanical,
목적 심각한 COVID-19 질병을 앓고 있는 43명의 기계 환기 환자의 기관지 흡인물(BA) 샘플에서 박테리아와 곰팡이의 존재를 조사합니다. 방법 SARS-CoV-2의 검출은 Allplex 2019-nCoV 분석 키트를 사용하여 수행되었습니다. 표준 배양 절차를 사용하여 실온에서 30분 동안 1X 디티오트레이톨 1%로 처리한 BA 표본에서 박테리아와 진균의 분리 및 특성 규명을 수행했습니다. 결과 일반적으로 중환자실(ICU)에 입원한 지 7일 후에 기계 환기 환자 43명 중 25명에서 세균 및/또는 진균 중복 감염이 감지되었습니다. BA 샘플의 미생물 집락화(집락 형성 단위(CFU) <1000 콜로니/ml)는 43명의 환자 중 11명에서 관찰된 반면, 7명의 환자만이 박테리아 또는 진균 성장의 징후를 나타내지 않았습니다. 녹농균은 17명의 환자에서 확인되었습니다. 흥미롭게도 이 17개의 분리주 중 11개에서도 카르바페넴 내성이 나타났습니다. 분자 분석은 카바페넴에 대한 내성이 주로 OprD 돌연변이 또는 결실과 관련이 있음을 보여주었습니다. Klebsiella pneumoniae는 13개의 샘플에서 발견된 두 번째로 가장 많이 분리된 병원체였으며 그 중 8개는 carbapenemase 생성 균주였습니다. 결론 이 데이터는 중증 SARS-CoV-2 감염 환자에서 박테리아 중복 감염 및 항균제 내성의 검출을 입증하고 박테리아가 COVID-19 진화에서 중요한 역할을 할 수 있음을 시사합니다. 박테리아 및 곰팡이 감염의 발생률과 COVID-19 환자의 건강 결과에 미치는 영향을 확인하기 위한 전향적 연구가 필요합니다.