[저자] Jéssika Cristina Chagas Lesbon, Mirele Daiana Poleti, Elisângela Chicaroni de Mattos Oliveira, José Salvatore Leister Patané, Luan Gaspar Clemente, Vincent Louis Viala, Gabriela Ribeiro, Marta Giovanetti, Luiz Carlos Junior de Alcantara, Loyze Paola Oliveira de Lima, Antonio Jorge Martins, Claudia Renata dos Santos Barros, Elaine Cristina Marqueze, Jardelina de Souza Todão Bernardino, Debora Botequio Moretti, Ricardo Augusto Brassaloti, Raquel de Lello Rocha Campos Cassano, Pilar Drummond Sampaio Correa Mariani, Svetoslav Nanev Slavov, Rafael Bezerra dos Santos, Evandra Strazza Rodrigues, Elaine Vieira Santos, Josiane Serrano Borges, Debora Glenda Lima de La Roque, Joao Paulo Kitajima, Bibiana Santos, Patricia Akemi Assato, Felipe Allan da Silva da Costa, Cecilia Artico Banho, Livia Sacchetto, Marilia Mazzi Moraes, Melissa Palmieri, Fabiana Erica Vilanova da Silva, Rejane Maria Tommasini Grotto, Jayme A. Souza-Neto, Mauricio Lacerda Nogueira, Luiz Lehman Coutinho, Rodrigo Tocantins Calado, Raul Machado Neto, Dimas Tadeu Covas, Simone Kashima, Maria Carolina Elias, Sandra Coccuzzo Sampaio, Heidge Fukumasu
The current COVID-19 pandemic demands massive testing by Real-time RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction), which is considered the gold standard diagnostic test for the detection of the SARS-CoV-2 virus. However, the virus continues to evolve with mutations that lead to phenotypic alterations as higher transmissibility, pathogenicity or vaccine evasion. Another big issue are mutations in the annealing sites of primers and probes of RT-PCR diagnostic kits leading to false-negative results. Therefore, here we identify mutations in the N (Nucleocapsid) gene that affects the use of the GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit. We sequenced SARS-CoV-2 genomes from 17 positive samples with no N gene detection but with RDRP (RNA-dependent RNA polymerase) and E (Envelope) genes detection, and observed a set of three different mutations affecting the N detection: a deletion of 18 nucleotides (Del28877-28894), a substitution of GGG to AAC (28881-28883) and a frameshift mutation caused by deletion (Del28877-28878). The last one cause a deletion of six AAs (amino acids) located in the central intrinsic disorder region at protein level. We also found this mutation in 99 of the 14,346 sequenced samples by the Sao Paulo state Network for Pandemic Alert of Emerging SARS-CoV-2 variants, demonstrating the circulation of the mutation in Sao Paulo, Brazil. Continuous monitoring and characterization of mutations affecting the annealing sites of primers and probes by genomic surveillance programs are necessary to maintain the effectiveness of the diagnosis of COVID-19.
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현재의 COVID-19 대유행은 SARS-CoV-2 바이러스 검출을 위한 표준 진단 테스트로 간주되는 Real-time RT-PCR(역전사 중합효소 연쇄 반응)에 의한 대규모 테스트를 요구합니다. 그러나 바이러스는 더 높은 전염성, 병원성 또는 백신 회피와 같은 표현형 변경으로 이어지는 돌연변이와 함께 계속 진화하고 있습니다. 또 다른 큰 문제는 RT-PCR 진단 키트의 프라이머와 프로브의 어닐링 부위의 돌연변이로 인해 위음성 결과가 나오는 것입니다. 따라서 여기서는 GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit의 사용에 영향을 미치는 N(Nucleocapsid) 유전자의 돌연변이를 확인합니다. 우리는 N 유전자가 검출되지 않았지만 RDRP(RNA-의존적 RNA 중합효소) 및 E(엔벨로프) 유전자가 검출된 17개의 양성 샘플에서 SARS-CoV-2 게놈을 시퀀싱하고 N 검출에 영향을 미치는 3가지 다른 돌연변이 세트를 관찰했습니다: 결실 18개 뉴클레오티드(Del28877-28894), AAC로의 GGG 치환(28881-28883) 및 결실로 인한 프레임시프트 돌연변이(Del28877-28878). 마지막 하나는 단백질 수준에서 중심 내인성 장애 영역에 위치한 6개의 AA(아미노산)의 결실을 유발합니다. 우리는 또한 상파울루 주립 네트워크의 신종 SARS-CoV-2 변이에 대한 14,346개의 시퀀싱된 샘플 중 99개에서 이 돌연변이를 발견했으며, 이는 브라질 상파울루에서 돌연변이의 순환을 보여줍니다. 코로나19 진단의 효율성을 유지하기 위해서는 유전자 감시 프로그램을 통해 프라이머와 프로브의 어닐링 부위에 영향을 미치는 돌연변이를 지속적으로 모니터링하고 특성화하는 것이 필요합니다.