Beware of pharyngeal Fusobacterium nucleatum in COVID-19

Covid-19에서 인두 푸소 박테리아 핵 신경을 조심하십시오

Published on
Journal: BMC Microbiology
[저자] Lirong Bao, Cheng Zhang, Jinglu Lyu, Caixia Yan, Ranran Cao, Ming Pan, Yan Li
[Category] MERS, 바이오마커, 유전자 메커니즘,
PMC URL    [DOI] 10.1186/s12866-021-02336-6    
[Article Type] Research
[Source] PMC

Background Fusobacterium nucleatum ( F. n ) is an important opportunistic pathogen causing oral and gastrointestinal disease. Faecalibacterium prausnitzii ( F. p ) is a next-generation probiotic and could serve as a biomarker of gut eubiosis/dysbiosis to some extent. Alterations in the human oral and gut microbiomes are associated with viral respiratory infection. The aim of this study was to characterise the oral and fecal bacterial biomarker (i.e., F. n and F. p ) in COVID-19 patients by qPCR and investigate the pharyngeal microbiome of COVID-19 patients through metagenomic next-generation sequencing (mNGS). Results Pharyngeal F. n was significantly increased in COVID-19 patients, and it was higher in male than female patients. Increased abundance of pharyngeal F. n was associated with a higher risk of a positive SARS-CoV-2 test (adjusted OR = 1.32, 95% CI = 1.06 ~ 1.65, P < 0.05). A classifier to distinguish COVID-19 patients from the healthy controls based on the pharyngeal F. n was constructed and achieved an area under the curve (AUC) of 0.843 (95% CI = 0.688 ~ 0.940, P < 0.001). However, the level of fecal F. n and fecal F. p remained unaltered between groups. Besides, mNGS showed that the pharyngeal swabs of COVID-19 patients were dominated by opportunistic pathogens. Conclusions Pharyngeal but not fecal F. n was significantly increased in COVID-19 patients, clinicians should pay careful attention to potential coinfection. Pharyngeal F. n may serve as a promising candidate indicator for COVID-19. Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12866-021-02336-6.

All Keywords
【저자키워드】 COVID-19, SARS-CoV-2, Metagenomic next-generation sequencing, Fusobacterium nucleatum, Faecalibacterium prausnitzii, 【초록키워드】 Biomarker, Coinfection, respiratory infection, Viral, pathogen, qPCR, Next-generation sequencing, male, Microbiome, Control, Pathogens, respiratory, gastrointestinal disease, Dysbiosis, COVID-19 patients, Bacterial, COVID-19 patient, fecal, Gut, AUC, opportunistic pathogen, an area, Opportunistic Pathogens, Pharyngeal swab, Classifier, supplementary material, higher risk, clinician, alteration, Female patients, healthy controls, pharyngeal, positive, SARS-CoV-2 test, viral respiratory infection, Fusobacterium, significantly increased, Faecalibacterium, Result, remained, adjusted, groups, Increased, metagenomic, the healthy, 【제목키워드】 Fusobacterium,
배경 Fusobacterium nucleatum ( F. n )은 구강 및 위장 질환을 일으키는 중요한 기회감염 병원체이다. Faecalibacterium prausnitzii ( F. p )는 차세대 프로바이오틱스이며 어느 정도 장내 세균총/불균형의 바이오마커 역할을 할 수 있습니다. 인간의 구강 및 장내 미생물군집의 변화는 바이러스성 호흡기 감염과 관련이 있습니다. 이 연구의 목적은 qPCR을 통해 COVID-19 환자의 구강 및 대변 박테리아 바이오마커(즉, F.n 및 F.p)를 특성화하고 메타게놈 차세대 시퀀싱(mNGS)을 통해 COVID-19 환자의 인두 미생물군유전체를 조사하는 것이었습니다. ). 결과 인두 F.n은 코로나19 환자에서 유의하게 증가했으며, 남성에서 여성보다 높았다. 증가된 인두 F.n은 양성 SARS-CoV-2 검사의 더 높은 위험과 연관되었습니다(조정된 OR = 1.32, 95% CI = 1.06 ~ 1.65, P < 0.05). 인두 F. n을 기반으로 건강한 대조군과 COVID-19 환자를 구별하는 분류기를 구축하고 곡선 아래 면적(AUC) 0.843(95% CI = 0.688 ~ 0.940, P < 0.001)을 달성했습니다. 그러나 분변 F.n 및 분변 F.p의 수준은 그룹 간에 변경되지 않은 상태로 유지되었습니다. 게다가, mNGS는 COVID-19 환자의 인두 면봉이 기회주의적 병원체에 의해 지배된다는 것을 보여주었습니다. 결론 COVID-19 환자에서 대변이 아닌 인두 F.n이 유의하게 증가했으므로 임상의는 잠재적인 동시 감염에 주의해야 합니다. Pharyngeal F. n은 COVID-19에 대한 유망한 후보 지표 역할을 할 수 있습니다. 보충 정보 온라인 버전에는 10.1186/s12866-021-02336-6에서 사용할 수 있는 보충 자료가 포함되어 있습니다.