Evaluation of the efficacy of LAMP-based SARS-CoV-2 detection with simple RNA extraction from nasopharyngeal swabs: A prospective observational study

비 인두 면봉으로부터 간단한 RNA 추출을 통한 램프 기반 SARS-COV-2 검출의 효능 평가 : 전향 적 관찰 연구

Published on
Journal: PLoS ONE
[저자] Masaki Karino, Mizuki Harada, Chihiro Yamada, Kyoko Fukuoka, Megumi Sugo, Hiroyuki Hanada, Daisaku Masuda, Shingo Adachi, Shota Nakao, Masayuki Seki, Masaya Yamato, Shizuya Yamashita, Toru Takano
[Category] SARS, 임상, 진단, 치료기술,
PMC URL    [DOI] 10.1371/journal.pone.0260732    
[Article Type] Observational Study
[Source] PMC

The Loopamp SARS-CoV-2 Detection Kit is used for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is based on a measurement principle that can be used with a relatively simple device. Detection using this kit requires viral RNA extraction from samples with the QIAGEN QIAamp Viral Mini Kit (QIAGEN extraction) or the Loopamp Viral RNA Extraction Kit (Eiken extraction), which are recommended by the manufacturer. However, the efficacy of LAMP-based SARS-CoV-2 detection using these extraction methods has not been compared. In this study, we aimed to compare the results of genome extraction and detection from nasopharyngeal swab samples using the QIAGEN and Eiken extraction kits. The present study involved patients who presented to the Rinku General Medical Center with suspected COVID-19 (25 positive and 26 negative cases). A comparison of the results obtained using each extraction method with those obtained via PCR showed that the positive, negative, and overall concordance rates between QIAGEN extraction and PCR were 96.0% (24/25 samples), 100% (26/26), and 98.0% (50/51; κ = 0.96, 95% CI = 0.69–1.00), respectively. Results with Eiken extraction were also favorable, with positive, negative, and overall concordance rates of 88.0% (22/25), 100% (26/26), and 94.1% (48/51; κ = 0.88, 95% CI = 0.61–1.00), respectively. Favorable results were obtained using both QIAGEN and Eiken extraction kits. Since Eiken extraction can be completed in a few minutes, it enables prompt and reliable testing for SARS-CoV-2 detection.

All Keywords
【초록키워드】 COVID-19, SARS-CoV-2, Efficacy, coronavirus, Genome, detection, severe acute respiratory syndrome Coronavirus, RNA, Nasopharyngeal swab, SARS-CoV-2 detection, Viral, PCR, Loop-mediated isothermal amplification, LAMP, Patient, respiratory, Nasopharyngeal swab samples, acute respiratory syndrome, 95% CI, acute respiratory syndrome coronavirus, acute respiratory syndrome coronavirus 2, extraction, center, Qiagen, positive, nasopharyngeal swab sample, viral RNA extraction, overall concordance, MINI, Result, involved, can be used, 【제목키워드】 Efficacy, prospective observational study, RNA extraction, nasopharyngeal,
Loopamp SARS-CoV-2 검출 키트는 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2) 검출에 사용됩니다. 루프 매개 등온 증폭(LAMP)은 비교적 간단한 장치와 함께 사용할 수 있는 측정 원리를 기반으로 합니다. 이 키트를 사용하여 검출하려면 제조업체에서 권장하는 QIAGEN QIAamp Viral Mini Kit(QIAGEN 추출) 또는 Loopamp Viral RNA 추출 키트(Eiken 추출)를 사용하여 샘플에서 바이러스 RNA 추출이 필요합니다. 그러나 이러한 추출 방법을 사용한 LAMP 기반 SARS-CoV-2 검출의 효능은 비교되지 않았습니다. 이 연구에서는 QIAGEN 및 Eiken 추출 키트를 사용하여 비인두 면봉 샘플에서 게놈 추출 및 검출 결과를 비교하는 것을 목표로 했습니다. 현재 연구에는 COVID-19가 의심되는 Rinku 종합 의료 센터에 내원한 환자(25건의 양성 및 26건의 음성 사례)가 포함되었습니다. 각각의 추출 방법을 사용하여 얻은 결과와 PCR을 통해 얻은 결과를 비교하면 QIAGEN 추출과 PCR 간의 양성, 음성 및 전체 일치율이 96.0%(24/25 샘플), 100%(26/26), 각각 98.0%(50/51, κ = 0.96, 95% CI = 0.69–1.00). Eiken 추출을 사용한 결과도 88.0%(22/25), 100%(26/26), 94.1%(48/51, κ = 0.88, 95% CI = 포지티브, 네거티브 및 전체 일치율)로 긍정적이었습니다. 0.61–1.00), 각각. QIAGEN 및 Eiken 추출 키트를 모두 사용하여 유리한 결과를 얻었습니다. 몇 분 안에 Eiken 추출을 완료할 수 있으므로 SARS-CoV-2 감지에 대한 신속하고 안정적인 테스트가 가능합니다.