[저자] Gytis Dudas, Samuel L. Hong, Barney I. Potter, Sébastien Calvignac-Spencer, Frédéric S. Niatou-Singa, Thais B. Tombolomako, Terence Fuh-Neba, Ulrich Vickos, Markus Ulrich, Fabian H. Leendertz, Kamran Khan, Carmen Huber, Alexander Watts, Ingrida Olendraitė, Joost Snijder, Kim N. Wijnant, Alexandre M.J.J. Bonvin, Pascale Martres, Sylvie Behillil, Ahidjo Ayouba, Martin Foudi Maidadi, Dowbiss Meta Djomsi, Celestin Godwe, Christelle Butel, Aistis Šimaitis, Miglė Gabrielaitė, Monika Katėnaitė, Rimvydas Norvilas, Ligita Raugaitė, Giscard Wilfried Koyaweda, Jephté Kaleb Kandou, Rimvydas Jonikas, Inga Nasvytienė, Živilė Žemeckienė, Dovydas Gečys, Kamilė Tamušauskaitė, Milda Norkienė, Emilija Vasiliūnaitė, Danguolė Žiogienė, Albertas Timinskas, Marius Šukys, Mantas Šarauskas, Gediminas Alzbutas, Adrienne Amuri Aziza, Eddy Kinganda Lusamaki, Jean-Claude Makangara Cigolo, Francisca Muyembe Mawete, Emmanuel Lokilo Lofiko, Placide Mbala Kingebeni, Jean-Jacques Muyembe Tamfum, Marie Roseline Darnycka Belizaire, René Ghislain Essomba, Marie Claire Okomo Assoumou, Akenji Blaise Mboringong, Alle Baba Dieng, Dovilė Juozapaitė, Salome Hosch, Justino Obama, Mitoha Ondo’o Ayekaba, Daniel Naumovas, Arnoldas Pautienius, Clotaire Donatien Rafaï, Astra Vitkauskienė, Rasa Ugenskienė, Alma Gedvilaitė, Darius Čereškevičius, Vaiva Lesauskaitė, Lukas Žemaitis, Laimonas Griškevičius, Guy Baele
[Category] MERS, SARS, 변종, 유전자 메커니즘, 진단,
[Article Type] Article
[Source] PMC
Distinct SARS-CoV-2 lineages, discovered through various genomic surveillance initiatives, have emerged during the pandemic following unprecedented reductions in worldwide human mobility. We here describe a SARS-CoV-2 lineage – designated B.1.620 – discovered in Lithuania and carrying many mutations and deletions in the spike protein shared with widespread variants of concern (VOCs), including E484K, S477N and deletions HV69Δ, Y144Δ, and LLA241/243Δ. As well as documenting the suite of mutations this lineage carries, we also describe its potential to be resistant to neutralising antibodies, accompanying travel histories for a subset of European cases, evidence of local B.1.620 transmission in Europe with a focus on Lithuania, and significance of its prevalence in Central Africa owing to recent genome sequencing efforts there. We make a case for its likely Central African origin using advanced phylogeographic inference methodologies incorporating recorded travel histories of infected travellers. Here, the authors describe the emergence and spread of a new potential SARS-CoV-2 variant of interest, B.1.620. They show that this lineage, first identified in Lithuania, has established local transmission in Europe on multiple occasions and likely emerged in Central Africa.
All Keywords
【저자키워드】 viral infection, molecular evolution, phylogenetics, Pathogens, 【초록키워드】 SARS-CoV-2, Europe, pandemic, Mutation, Neutralising Antibodies, SARS-CoV-2 variant, variants of concern, Local, Transmission, Spike protein, Spread, Prevalence, Genome sequencing, Surveillance, African, VOCs, Travel, Lineage, Deletion, E484K, methodology, genomic, lineages, Evidence, evidence of, focus, effort, deletions, Lithuania, S477N, SARS-CoV-2 lineage, widespread, European, the spike protein, reductions in, subset, recorded, 【제목키워드】 Mutation, variant, Spread, emergence, Deletion, SARS-CoV-2 lineage,
다양한 게놈 감시 이니셔티브를 통해 발견된 독특한 SARS-CoV-2 계통은 전 세계적으로 인간의 이동성이 전례 없이 감소한 팬데믹 기간 동안 나타났습니다. 우리는 여기에서 리투아니아에서 발견되고 E484K, S477N 및 결실 HV69Δ, Y144Δ를 포함하여 광범위한 관심 변종(VOC)과 공유되는 스파이크 단백질에서 많은 돌연변이 및 결실을 보유하는 SARS-CoV-2 계통(B.1.620으로 지정됨)을 설명합니다. LLA241/243Δ. 이 계통이 가지고 있는 일련의 돌연변이를 문서화하는 것 외에도 우리는 중화 항체에 대한 내성 가능성, 유럽 사례의 하위 집합에 대한 여행 기록, 리투아니아에 초점을 맞춘 유럽의 지역 B.1.620 전파 증거 및 최근 게놈 시퀀싱 노력으로 인해 중앙 아프리카에서 유병률의 중요성. 우리는 감염된 여행자의 기록된 여행 기록을 통합한 고급 계통학적 추론 방법론을 사용하여 중앙 아프리카에서 기원했을 가능성이 있음을 입증합니다. 여기에서 저자는 새로운 잠재적인 SARS-CoV-2 변종인 B.1.620의 출현과 확산에 대해 설명합니다. 그들은 리투아니아에서 처음 확인된 이 혈통이 여러 차례 유럽에서 지역 전파를 확립했으며 중앙 아프리카에서 출현했을 가능성이 있음을 보여줍니다.