The protease encoded by the TMPRSS2 gene facilitates viral infections and has been implicated in the pathogenesis of SARS-CoV-2. We analyzed the TMPRSS2 sequence and correlated the protein variants with the clinical features of a cohort of 1177 patients affected by COVID-19 in Italy. Nine relatively common variants (allele frequency > 0.01) and six missense variants which may affect the protease activity according to PolyPhen-2 in HumVar-trained mode were identified. Among them, p.V197M (p.Val197Met) (rs12329760) emerges as a common variant that has a deleterious effect on the protease and a protective effect on the patients. Its role appears particularly relevant in two subgroups of patients—young males and elderly women—and among those affected by co-morbidities, where the variant frequency is higher among individuals who were mildly affected by the disease and did not need hospitalization or oxygen therapy than among those more severely affected, who required oxygen therapy, ventilation or intubation. This study provides useful information for the identification of patients at risk of developing a severe form of COVID-19, and encourages the usage of drugs affecting the expression of TMPRSS2 or inhibiting protein activity.
All Keywords
【저자키워드】 COVID-19, TMPRSS2, Missense mutation, V197M, Whole-Exome Sequencing (WES), 【초록키워드】 viral infection, TMPRSS2, Pathogenesis, Hospitalization, allele frequency, variant, Ventilation, intubation, risk, oxygen, drug, protease, Italy, viral infections, Clinical features, Protein, Cohort, Viral, male, Patient, Oxygen therapy, information, expression, patients, clinical feature, co-morbidities, protective effect, Protease activity, Frequency, Deleterious, not need, Usage, individual, morbidities, sequence, missense variant, pathogenesis of SARS-CoV-2, PolyPhen-2, two subgroups, Affect, analyzed, affected, the disease, required, facilitate, appear, provide, correlated, inhibiting, implicated, affecting, two subgroup, 【제목키워드】 elderly, role,
TMPRSS2 유전자에 의해 암호화된 프로테아제는 바이러스 감염을 촉진하고 SARS-CoV-2의 발병기전에 연루되어 있습니다. 우리는 TMPRSS2 서열을 분석하고 단백질 변이체를 이탈리아의 COVID-19에 영향을 받은 1177명의 환자 코호트의 임상 특징과 연관시켰습니다. HumVar 훈련 모드에서 PolyPhen-2에 따라 프로테아제 활성에 영향을 미칠 수 있는 9개의 비교적 일반적인 변이체(대립유전자 빈도 > 0.01)와 6개의 미스센스 변이체가 확인되었습니다. 그 중 p.V197M(p.Val197Met)(rs12329760)은 protease에 해로운 영향을 미치고 환자에 대한 보호 효과가 있는 일반적인 변이체로 등장한다. 그 역할은 젊은 남성과 노인 여성의 두 하위 그룹 환자와 동반 질환의 영향을 받는 환자에서 특히 관련이 있는 것으로 보입니다. 산소 요법, 환기 또는 삽관이 필요한 더 심각한 영향을 받은 사람들 중. 이 연구는 심각한 형태의 COVID-19에 걸릴 위험이 있는 환자를 식별하는 데 유용한 정보를 제공하고 TMPRSS2의 발현에 영향을 미치거나 단백질 활성을 억제하는 약물의 사용을 권장합니다.